DUEinUNO è una lente di ingrandimento sul cariotipo: analisi cromosomica al microscopio e un oligo array insieme per la nuova citogenetica.
PGT3™oligo15. Easychip Agilent (Custom ChIP-on-chip/DNA Methylation, 8x15k)
Microarray genomico di nuova generazione per il cariotipo molecolare.
Aumenta la sensibilità del cariotipo convenzionale.
Analizza lo sbilanciamento del numero di copie di sequenze genomiche ad una risoluzione di molto superiore a quella possibile con le tradizionali tecniche di citogenetica su metafasi.
L’indagine fornisce, perciò, in tempi rapidi ed in maniera accurata informazioni relative ad una serie di riarrangiamenti non identificabili con le indagini cromosomiche tradizionali come regioni sindromiche associate a patologie note da microdelezione e micro duplicazione incluse quelle che coinvolgono le regioni subtelomeriche (cioè le estremità dei cromosomi, spesso sede di anomalie correlate con il ritardo mentale). PGT3™ è progettata per ridurre al minimo il riscontro di CNV, soprattutto di piccole dimensioni, che sono presenti nella popolazione generale come varianti benigne, cioè senza significato clinico, o di significato ignoto. In assenza di segni ecografici anomali o altre condizioni di aumentato rischio genetico del feto, questo fatto può ridurre il valore prognostico del test.
Easychip Agilent (Custom ChIP-on-chip/DNA Methylation, 8x15k) (15k) è una piattaforma progettata per integrare la analisi cromosomica prenatale: 1) identifica CNV lungo il genoma con risoluzione di 3-4 Mb (4-5 volte maggiore della analisi cromosomica) riducendo dal 26% al 3% le CNV senza significato clinico o di significato ignoto. 2) Analizza le regioni subtelomeriche a una maggiore risoluzione (300-500 kb) per la ricerca di eventuali sbilanciamenti criptici 3) Analizza alla risoluzione massima di 200-250 kb le microduplicazioni o delezioni nelle regioni sindromiche associate a 43 sindromi note da microdup/del.
Riferimenti/Glossario.
Array-CGH. Si stima che il 3% circa dei neonati sia affetto da un difetto congenito alla nascita che non può essere controllabile con indagini di laboratorio e/o strumentali e che dipende da cause genetiche (cromosomiche, geniche, etc.) o non genetiche (farmaci, infezioni, etc.). Questa percentuale di rischio è generalizzabile a tutte le gravidanze, ma può cambiare in base all’età della coppia al momento del concepimento o a fattori ereditari, spesso desumibili dalla storia familiare, nei confronti dei quali possono essere effettuate indagini specifiche (ad es. analisi cromosomiche e molecolari, indagini ecografiche, ecc.).
L’indagine citogenetica prenatale ha lo scopo di accertare la presenza di anomalie cromosomiche numeriche e/o strutturali. I preparati cromosomici non consentono di individuare perdita o acquisizione di materiale genetico (a causa di delezioni, duplicazioni, inserzioni, traslocazioni, ecc.) di dimensioni inferiori alle 10-15 Megabasi. I criteri utilizzati per l’indagine citogenetica sono quelli raccomandati dalle Linee Guida della Società Italiana di Genetica Umana e del Gruppo Europeo di Studio sulla Diagnosi Prenatale.
Tra le malattie genetiche, le cosiddette "sindromi da microdelezione /microduplicazione" sono costituite da un gruppo di patologie causate da sbilanciamenti genomici, ovvero microduplicazioni o microdelezioni di sequenze di DNA (CNVs: Copy Number Variations), che si associano a quadri clinici distinti. Questi sbilanciamenti non sono individuabili mediante l’analisi del cariotipo al microscopio, ma con un'analisi genomica ad alta risoluzione che offre un aumento del potere risolutivo fino a cento volte. La tecnica aCGH è basata sulla ibridazione simultanea e competitiva del campione di DNA-test e di un DNA di controllo, marcati con fluorocromi diversi, su un supporto solido (microarray) costituito da una serie di sequenze di DNA che, nell'insieme, rappresentano l'intero genoma, comprese le regioni subtelomeriche, spesso sede di anomalie correlate con il ritardo mentale (Hochstenbach, R., E. van Binsbergen, J. Engelen, A. Nieuwint, A. Polstra, P. Poddighe, et al. 2009. Array analysis and karyotyping: workflow consequences based on a retrospective study of 36,325 patients with idiopathic developmental delay in the Netherlands. Eur. J. Med. Genet. 52:161–169. Howell, K. B., A. J. Kornberg, A. S. Harvey, M. M. Ryan, M. T. Mackay, J. L. Freeman, et al. 2013. High resolution
chromosomal microarray in undiagnosed neurological disorders. J. Paediatr. Child Health 49:716–724.). Ne sono derivate indicazioni operative da parte di organismi scientifici internazionali (Kearney, H. M., S. T. South, D. J. Wolff, A. Lamb, A. Hamosh, and K. W. Rao. 2011a. American College of Medical Genetics recommendations for the design and performance expectations for clinical genomic copy number microarrays intended for use in the postnatal setting for detection of constitutional abnormalities. Genet. Med. 13:676–679). In tal modo si prevede da 2 a 6% di aumento della identificazione di delezioni/duplicazioni, per contro si evidenziano molte CNVs, soprattutto di piccole dimensioni, presenti nella popolazione generale come varianti benigne, cioè senza significato clinico, o di significato ignoto. A fronte delle circa 6.000 malattie genetiche note, l’analisi mediante array-CGH non fornisce informazioni sulle malattie da mutazione di singoli geni.
La comunità scientifica internazionale ha ampiamente discusso sui vantaggi e limiti e anche sulla opportunità di utilizzare la tecnica a-CGH in diagnosi prenatale come primo passo in sostituzione del cariotipo (Wapner, R. J., C. L. Martin, B. Levy, B. C. Ballif, C. M. Eng, J. M. Zachary, et al. 2012. Chromosomal microarray versus karyotyping for prenatal diagnosis. N. Engl. J. Med. 367:2175–2184; Miller, D. T., M. P. Adam, S. Aradhya, L. G. Biesecker, A. R. Brothman, N. P. Carter, et al. 2010. Consensus statement: chromosomal microarray is a first-tier clinical diagnostic test for individuals with developmental disabilities or congenital anomalies. Am. J. Hum. Genet. 86:749–764) ma, viste alcune residue anomalie che solo il cariotipo può individuare, il Gruppo di Citogenetica della Società Italiana di Genetica Umana (Novelli, A., F. R. Grati, L. Ballarati, L. Bernardini, D. Bizzoco, L. Camurri, et al. 2012. Microarray application in prenatal diagnosis: a position statement from the cytogenetics working group of the Italian Society of Human Genetics (SIGU), November 2011. Ultrasound Obstet. Gynecol. 39:384–388.) ha definito uno statement integrativo delle due tecniche.
